Badan Otoritas Nasional Palestina yakni pemerintah otonom Palestina yang didirikan pada tahun 1994 berdasarkan persetujuan otonomi Palestina yang dicapai Palestina dan Israel adalah sebuah badan otonomi bersifat tahapan dan transisi, tugas utamanya ialah menangani semua urusan sipil kecuali urusan luar negeri dan keamanan di daerah otonom Palestina.

Organisasi Pembebasan Palestina dan Israel menandatangani Deklarasi Prinsipal tentang otonomi Palestina bulan September tahun 1993 di Washington. Berdasarkan deklarasi itu, orang Palestina diizinkan lebih dulu melaksanakan otonomi di daerah Jalur Gaza-Jericho. 12 Mei tahun 1994, Badan Pimpinan Otonomi Palestina yang diketuai oleh Yasser Arafat didirikan, dan pertama-tama melaksanakan otonomi di Jalur Gaza dan Jericho, kemudian otonomi diperluas sampai Tepi Barat Sungai Yordan.

Badan Pimpinan Otonom Palestina mengadakan sidang pertama di Tunisia pada 26 Mei tahun 1994. Tanggal 11 Juli, setelah Arafat kembali dan menetap di Gaza dengan mengakhiri pengasingan selama 27 tahun, Badan Pimpinan Otonom Palestina dipindahkan dari Tunisia ke Jalur Gaza dan Jericho.

Berdasarkan pengaturan persetujuan Palestina-Israel tentang perluasan otonomi Palestina di Tepi Barat, Palestina mengadakan pemilihan umum yang pertama kali dalam sejarah, dan memilihkan Ketua Badan Otoritas Nasional Palestina dan Komisi Legislatif Palestina pada tanggal 20 Januari tahun 1996. Arafat terpilih sebagai Ketua Badan Otoritas Nasional Palestina.

Pada awal Desember tahun 2001, karena sejumlah organisasi radikal Palestina menimbulkan serentetan peristiwa serangan terhadap sasaran Israel, Israel menggolongkan Badan Otoritas Nasional Palestina sebagai "entitas yang mendukung kegiatan teroris", dan memutuskan kontak dengan Arafat, sehingga Badan Otoritas Nasional Palestina berada pada posisi sangat sulit. Untuk mendorong perundingan Palestina-Israel, Badan Otoritas Nasional Palestina bulan Maret lalu mengadakan reformasi dengan mengadakan jabatan perdana menteri, Mahmoud Abbas diangkat sebagai Perdana Menteri pertama. Perdana Menteri Pemerintah Otonom Palestina sekarang ini adalah Ahmed Qurei.

Dewasa ini, Badan Otoritas Nasional Palestina telah melaksanakan otonomi penuh di 60 persen wilayah Jalur Gaza dan 42,9 persen wilayah Tepi Barat. Luas daerah yang dikontrol Palestina kurang lebih 2.500 km persegi.