Organisasi Kerja Sama Shanghai SCO merupakan bekas Mekanisme Pertemuan "Lima Negara Shanghai". Pada tanggal 26 April tahun 1996, pemimpin-pemimpin negara Tiongkok, Rusia, Kazakstan, Kirgizstan dan Tajikistan mengadakan pertemuan pertama di Shanghai. Sejak itu, Mekanisme Pertemuan "Lima Negara Shanghai" dibentuk secara resmi.

Dalam KTT ke-6 "Lima Negara Shanghai" yang diadakan di Shanghai pada bulan Juni tahun 2001, Uzbekistan masuk "Lima Negara Shanghai" sebagai anggotanya dengan status persamaan derajat penuh. Selanjutnya, 6 pemimpin negara mengadakan KTT pertama dan menandatangani "Deklarasi Berdirinya Organisasi Kerja Sama Shanghai SCO", dengan demikian SCO didirikan secara resmi. Pada kesempatan itu, pemimpin 6 negara menandatangani pula "Konvensi Shanghai Tentang Pemukulan Terorisme, Separatisme dan Ekstrimisme". Dalam pertemuan pertama perdana menteri SCO yang diselenggarakan di Alma Ata, ibukota Kazakistan, pada bulan September tahun 2001, para Perdana Menteri sepakat mengoperasikan proses kerja sama multilateral di bidang ekonomi dan perdagangan ke-6 negara tersebut, dan mengumumkan secara resmi pembuentukan mekanisme pertemuan periodik perdana menteri dalam kerangka SCO. SCO merupakan organisasi internasional pertama yang didirikan dalam wilayah Tiongkok dan diberi nama dengan nama kota Tiongkok. Total luas wilayah dari keenam negara itu, lebih dari 30 juta kilometer persegi dan total jumlah penduduknya 1,481 milyar jiwa yang merupakan kira-kira 1/4 total jumlah penduduk seluruh dunia, bahasa resminya Bahasa Tionghoa dan Rusia.

KTT SCO kedua diadakan di Saint Petersburg, Rusia, pada bulan Juni tahun 2002 dengan menandatangani Piagam Organisasi Kerja Sama Shanghai. Piagam telah memberikan perumusan yang jelas mengenai prinsip azas tujuan, struktur organisasi, bentuk operasional, arah kerja sama dan diplomasi. Ini menandakan SCO telah didirikan secara resmi dalam arti hukum internasional.

Menurut Piagam Organisasi Kerja Sama Shanghai dan Deklarasi Berdirinya Organisasi Kerja Sama Shanghai, azas tujuan utama SCO ialah: meningkatkan saling percaya dan rukun tetangga antar anggota; mengembangkan kerja sama yang efektif antar anggota di bidang politik, ekonomi, perdagangan, iptek, kebudayaan, pendidikan, energi, perhubungan, dan pelestarian lingkungan hidup. memelihara bersama perdamaian, keamanan dan kestabilan regional, mendorong didirikannya tata tertib baru politik dan ekonomi internasional yang demokratik, adil dan rasional.

SCO menaati prinsi-prinsip sebagai berikut: menaati azas tujuan dan prinsip Piagram PBB; saling menghormati kemerdekaan, kedaulatan dan keutuhan wilayah, saling tidak mencampuri urusan dalam negeri satu sama lain, saling tidak menggunakan atau mengancam dengan menggunakan kekuatan bersenjata; semua anggota sama derajat; menyelesaikan semua masalah melalui musyawarah; tidak bersekutu dan tidak bersasaran kepada negara dan organisasi lain; terbuka terhadap dunia luar dan bersedia mengadakan dialog, pertukaran dan kerja sama dalam berbagai bentuk dengan negara-negara lain, organisasi internasional dan regional bersangkutan.

Dalam KTT ke-3 SCO yang diadakan di Moskow bulan Mei tahun 2003, Duta Besar Tiongkok untuk Rusia, Zhang Deguang, dilantik sebagai Sekretaris Jenderal pertama SCO.

Pada tanggal 15 Januari tahun 2004, Sekretariat SCO telah dibentuk di Beijing.

Tanggal 17 Juni tahun 2004, KTT SCO diadakan di Tashkent ibukota Uzbekistan. Di depan KTT tersebut, Presiden Tiongkok Hu Jintao menyampaikan pidato penting yang berjudul "Meningkatkan Kerja Sama Yang Pragmatis, Mengupayakan Bersama Perdamaian dan Pembangunan". Pada hari itu telah ditandatangani Deklarasi Tashkent Kepala Negara Anggota Organisasi Kerja Sama Shanghai, dan Badan Antiterorisme Kawasan SCO juga dioperasikan secara resmi di Tashkent ibukota Uzbekistan.

KTT SCO diselenggarakan sekali dalam setiap tahun, menyelenggarakan pertemuan pemimpin pemerintah di berbagai anggotanya secara periodik. Sekretaris jenderal dilantik oleh KTT, dan berbagai anggota menjabat jabatan itu secara bergilir menurut urutan huruf bahasa Rusia dengan masa baktinya selama 3 tahun dan tidak boleh berturut-turut memangku jabatan itu.

Lambang SCO berbentuk bundar bergambar peta wilayah ke-6 negara anggotanya yaitu Tiongkok, Rusia, Kazakstan, Kirgistan, Tajikistan dan Uzbekistan, dengan dikelilingi oleh dua ranting pohon Zaitun dan dua pita di kanan dirinya yang melambangkan peranan penting anggotanya dalam mendorong perdamaian dan pembangunan regional bahkan seluruh dunia pada umumnya dan juga berarti bidang kerja sama dan prospek perkembangan besar SCO. Di bagian atas dan bawah Lambang SCO tersebut tertulis huruf "Organisasi Kerja Sama Shanghai" dalam Bahasa Tionghoa dan Rusia. Lambang tersebut berwarna hijau dan biru yang melambangkan azas tujuan SCO yaitu perdamaian, persahabatan, kemajuan dan perkembangan.